正在讀國中三年級的女生日暮籬是一名家住在神社的普通女孩子。15歲生日那天，她被妖怪百足妖婦拖入神社的枯井中，來到了500年前的日本戰國時代，並與已被封印的半妖犬夜叉相遇。犬夜叉自稱是為得到四魂之玉以成為真正的妖怪，然而實際上並非完全如此。來到戰國時代的阿籬被誤認為已逝世的巫女桔梗，後因其靈力、相貌及體內的四魂之玉而令眾人認為是桔梗的轉世。阿籬喚醒了犬夜叉，又不小心將四魂之玉用箭射碎，散至各地。為了收集四魂之玉碎片，犬夜叉與阿籬踏上了旅途，和後來出現的小妖狐七寶、法師彌勒和驅魔師珊瑚一同搜集四魂之玉。而且各人都是向著打倒同樣是收集四魂之玉的妖怪——奈落為目標出發。

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