有漏種子與無漏種子

一切有漏種子為第八阿賴耶識之識體所攝持，且為第八識見分所緣，故稱[故是所緣」；而無漏種子雖然也依附於阿賴耶識，但並非阿賴耶識之識性所攝，故不是此識所緣。

無漏種子是能生菩提之因的種子，無漏種子主要有三種，

一者生空無漏種子，即我空無漏，此屬見道位無漏種子。

二者法空無漏，屬修道位無漏種子。

三者二空 (我空、法空) 無漏種子，此為無學道無漏種子。

無漏種子依於異熟識之自體分，而非異熟識性所攝持。

以無漏種子，其性唯善，不是無記性，故不與異熟識之體性相順，體性既不相順，故此無漏種子與異熟識體性不可相即。無漏種子依於異熟識之自體分，以非異熟識所攝持，亦不為異熟識之見分所緣。

有漏種子即生起諸種現象，三界六趣受生死的種子。此有三種，一者名言種子，二者我執種子，三者有支種子。種子又名習氣，即是現行熏習的氣分。 <瑜伽師地論> 五十二月：

 [云何略說安立種子？ 謂於阿賴耶識中，一切諸法遍計自性妄執習氣，是名安立種子。]

阿賴耶識能緣的作用，稱之為其行相，能緣之識，必有其所緣之境，故三十頌中，將能緣、所緣二者並舉，即頌文中「不可知執、受、處、了」七個字。這其中，「執、受、處」三者，是阿賴耶識所緣之境，「了」是此識能緣的作用。了即了別，了別是此識自體的能緣作用，指的即是此識的「見分」。執、受、處三者，是見分所緣的境，也就是相分。執是執持萬法種子、及攝持根身，持令不壞；受是領根身為境，令生覺受；處是器界，即物質世界。因此，第八阿賴耶識所緣之境，有「兩類三法」。兩類是指「執受」和「處」，三法即種子、根身、器界。茲再分述如下：

一、 種子：

能生起萬法的種子，儲藏在第八阿賴耶識中，種子是所藏（所持），阿賴耶識是能藏。能藏，也就是「執持」萬法種子。

二、根身：

由四大和合而成的「根身」—即眼、耳、鼻、舌、身的五根身，是第八識中的色法種子所變現的。此根身由第八阿賴耶識所「攝持」，持令不壞，感生覺受。阿賴耶識離開根身，命根即不存在，一期生命就告終了。

三、器界：