1901年，臺灣鼠疫大流行，死亡三千多人，連臺北避病院院長本田祐太郎也同樣感染鼠疫殉職，時任臺灣總督的後藤新平請來高木友枝協助撲滅疫情。1902年3月31日，高木友枝任臺灣總督府醫院醫長兼醫院長，身攬多職，如臺灣總督府技師、臺北醫院長、民政部警察本署勤務、紅十字社臺灣支部副長屬託、臺灣地方病及傳染病調查會委員、臺北基隆市區計畫委員。1903年又任臨時防疫委員臨時防疫課長、臨時防疫委員會幹事。1904年任民政部警察本署衛生課長兼臨時防疫課長，7月任臺灣地方病及傳染病調查會幹事、臺灣中央衛生會幹事。1905年任臺東醫院醫長2個月又24天。

高木友枝一方面以撲滅老鼠為主要防治策略，二來設置衛生警察，加強搜尋與監視。另因駐臺日軍亦受鼠疫波及，日本政府遂以闢建永久兵營為保障日籍軍屬之根本方案，依據1898年臺灣總督向日本陸軍省的報告，效法歐洲殖民城市，強制拆除舊有市街改建新市區，或將兵營設在或將兵營設在遠離市街、新的衛生區域。

個人觀點:
我覺得他不僅是一位很優秀的醫學人員，還有很好的為人；到了台灣對於學生不但不禁止母語、重視品格教育、尊重台灣的文化，並且關心學生，養成學生良好的學習風氣；而也協助台灣撲滅鼠疫疫情，協助解決傳染病等醫學問題，對於醫學衛生方面有很大的貢獻，也建立了台灣學術與工業應用的網絡，很令人欽佩。

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　　黃玉階（1850-1918年）為臺灣地區傳染病的防治，作出了不可磨滅的貢獻，他是日據時代獲中醫師執照第一人，並與西醫合作防治傳染病。受到百姓的敬重，大家敬稱「玉階先生」。1895年正值夏季，氣候濕熱，傳染病肆虐，每日因病死亡者達 10 餘人；臺灣醫療機構嚴重不足，當時臺北地區霍亂疫情再發，勢甚猖獗；翌年鼠疫(黑死病)、斑痧症又相繼發生，蔓延數年，死亡無數。在此期間，黃玉階乃不顧個人性命的安危，奔走鄉間，施醫濟藥，治人無數，且醫德高尚，常減收或不收診金。並撰著《霍亂吊腳痧醫書》、《黑死病疙瘩瘟治法新編》等有關治療霍亂、鼠疫的書籍，且自行印發遍贈全臺。為了避免疫情擴大，於是他更是向臺灣總督府請求，提出設立「黑死病治療所」的建議，藉以通盤防治，遏阻疫病的傳染，黑死病治療所成立後，他即被聘為「醫生主任」，同時兼任「臺北縣黑死病治療所」醫務囑託、仁濟院（仁濟醫院的前身）委員囑託、傳染病預防委員、「艋舺保安醫院」傳染病隔離所醫務主任、臺北茶商公會回春處醫務主任等 10 餘要職。在 1901 年倡設「漢醫研究會」招集各方漢醫定期於天然足會處開會，找出適當療法，以對疫情控制有所功益。日據時期，日人提倡西醫排斥中醫，只舉辦一次中醫師考試，黃玉階獲中醫師執照第一人。

比較日台:兩位都是對於臺灣有極大貢獻的人。雖然兩位都是對於鼠疫（黑死病），但是黃玉階同時針對所有的傳染病，醫療範圍較廣。還有不同的地方是高木有枝主要是撲滅老鼠，而黃玉階是撰寫書籍，讓更多人知道黑死病。一位是改變環境，一位是治療人民。

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